ابزار هوش مصنوعی نوید تسریع توسعه ژن درمانی در مقیاس بزرگ را می دهد

برنامه ما می تواند گروه بندی مناسب انگشتان روی را برای هر تغییری شناسایی کند و این نوع ویرایش ژن را سریعتر از همیشه انجام دهد.


شرایط دیگر ناشی از اشتباه در خود کد نیست، بلکه به دلیل مشکلاتی در نحوه خواندن DNA توسط ماشین سلولی ایجاد می شود، فرآیندی که اپی ژنتیک نامیده می شود. ژنی که دستور تهیه یک پروتئین خاص را فراهم می کند، اغلب با مولکول هایی به نام فاکتورهای رونویسی همکاری می کند که به سلول می گوید چه مقدار از آن پروتئین را بسازد. هنگامی که این روند به اشتباه پیش می رود، ژن های بیش از حد یا کم کار به دیابت، سرطان و اختلالات عصبی کمک می کنند. در نتیجه، محققان در حال بررسی راه هایی برای بازگرداندن فعالیت اپی ژنتیکی طبیعی هستند.

دکتر نویز، استادیار دپارتمان بیوشیمی و فارماکولوژی مولکولی در NYU Langone، هشدار می دهد که کنترل انگشتان روی در عین اینکه امیدوارکننده است، می تواند دشوار باشد. از آنجایی که آنها همیشه مختص یک ژن نیستند، برخی از ترکیبات می توانند توالی DNA را فراتر از یک هدف خاص تحت تاثیر قرار دهند و منجر به تغییرات ناخواسته در کد ژنتیکی شوند.

به طور مشابه، انگشتان روی نیز می توانند به فاکتورهای رونویسی متصل شوند و آنها را به سمت یک بخش ژنی که نیاز به تنظیم دارد بکشند. با سفارشی‌سازی این دستورالعمل‌ها، مهندسان ژنتیک می‌توانند فعالیت هر ژنی را تنظیم کنند. با این حال، یک اشکال این است که انگشتان روی مصنوعی برای طراحی برای یک کار خاص چالش برانگیز است. از آنجایی که این پروتئین‌ها در گروه‌های پیچیده به DNA متصل می‌شوند، محققان باید بتوانند – از میان ترکیب‌های بی‌شماری ممکن – بگویند که چگونه هر انگشت روی با همسایه خود برای هر تغییر ژنتیکی مورد نظر تعامل دارد.

نویسندگان این مطالعه اضافه می‌کنند که علاوه بر کاهش خطر ایمنی، اندازه کوچک ابزارهای انگشت روی ممکن است تکنیک‌های ژن درمانی انعطاف‌پذیرتری را در مقایسه با CRISPR فراهم کند و راه‌های بیشتری را برای رساندن ابزارها به سلول‌های مناسب در بیماران فراهم کند.

یکی از این تکنیک‌ها ویرایش انگشت روی است که هم می‌تواند ژن‌ها را تغییر داده و هم کنترل کند. در میان فراوان‌ترین ساختارهای پروتئینی در بدن انسان، انگشتان روی می‌توانند با گرفتن آنزیم‌های قیچی مانند و هدایت آن‌ها برای برش بخش‌های معیوب از کد، تعمیر DNA را هدایت کنند.

بیماری هایی از جمله فیبروز کیستیک، بیماری تای ساکس، و کم خونی داسی شکل ناشی از اشتباه در ترتیب حروف DNA است که دستورالعمل های عملیاتی برای هر سلول انسانی را رمزگذاری می کند. دانشمندان در برخی موارد می توانند این اشتباهات را با روش های ویرایش ژنی اصلاح کنند که این حروف را مجدداً مرتب می کند.

محققان دانشکده پزشکی NYU Grossman و دانشگاه تورنتو که این ابزار را طراحی کردند، می گویند که این ابزار نوید دهنده سرعت بخشیدن به توسعه ژن درمانی در مقیاس بزرگ است.

فناوری جدید نویسندگان این مطالعه که ZFDesign نام دارد، با استفاده از هوش مصنوعی برای مدل‌سازی و طراحی این تعاملات، بر این مانع غلبه می‌کند. این مدل بر اساس داده های تولید شده توسط صفحه نمایش نزدیک به 50 میلیارد برهمکنش احتمالی انگشت روی-DNA در آزمایشگاه های محققان است. گزارشی در مورد این ابزار به صورت آنلاین در 26 ژانویه در مجله منتشر شد بیوتکنولوژی طبیعت.

در نتیجه، دکتر Noyes می‌گوید که تیم بعدی قصد دارد برنامه هوش مصنوعی خود را اصلاح کند تا بتواند گروه‌های انگشت روی دقیق‌تری بسازد که فقط ویرایش مورد نظر را ایجاد کند. دکتر Noyes همچنین یکی از اعضای موسسه NYU Langone برای سیستم های ژنتیک است.

دیوید ایچیکاوا، دکترا، نویسنده اصلی مطالعه، دانشجوی فارغ التحصیل سابق در NYU Langone Health

یک برنامه هوش مصنوعی (AI) ممکن است اولین تولید ساده پروتئین های قابل تنظیم به نام انگشت روی را برای درمان بیماری ها با روشن و خاموش کردن ژن ها فعال کند.

دکتر ایچیکاوا خاطرنشان می کند که ویرایش انگشت روی جایگزین بالقوه ایمن تری برای CRISPR، یک فناوری کلیدی ویرایش ژن با کاربردهایی است که از یافتن راه های جدید برای کشتن سلول های سرطانی تا طراحی محصولات مغذی تر را شامل می شود. بر خلاف انگشتان روی کاملاً مشتق شده از انسان، CRISPR که مخفف تکرار کوتاه پالیندرومی خوشه‌ای به طور منظم با فاصله است، برای تعامل با کد ژنتیکی به پروتئین‌های باکتریایی متکی است. این پروتئین های “خارجی” می توانند سیستم دفاعی بدن بیماران را تحریک کنند که ممکن است مانند هر عفونت دیگری به آنها حمله کند و منجر به التهاب خطرناک شود.

منبع:

دکتر مارکوس نویز، نویسنده ارشد این مطالعه، می‌گوید: «با سرعت بخشیدن به طراحی انگشت روی همراه با اندازه کوچک‌تر، سیستم ما راه را برای استفاده از این پروتئین‌ها برای کنترل چندین ژن به طور همزمان هموار می‌کند». در آینده، این رویکرد ممکن است به اصلاح بیماری هایی که دلایل ژنتیکی متعددی دارند، مانند بیماری قلبی، چاقی و بسیاری از موارد اوتیسم، کمک کند.

مرجع مجله:

برای آزمایش کد طراحی هوش مصنوعی کامپیوتر، دکتر Noyes و تیمش از انگشت روی سفارشی‌سازی شده برای برهم زدن توالی کدگذاری یک ژن در سلول‌های انسانی استفاده کردند. علاوه بر این، آنها چندین انگشت روی ساختند که با موفقیت فاکتورهای رونویسی را برای اتصال به یک توالی ژن هدف و افزایش یا کاهش بیان آن برنامه ریزی مجدد کردند و نشان دادند که فناوری آنها می تواند برای تغییرات اپی ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرد.

بودجه برای این مطالعه توسط مؤسسه ملی بهداشت کمک های مالی R01GM118851 و R01GM133936 ارائه شده است. کمک های مالی بیشتر توسط موسسه کانادایی پروژه تحقیقات بهداشتی PJT-159750، Compute Canada Resource Allocation، Frederick Banting و Charles Best Canada Graduate Scholarship و بورسیه تحصیلی فارغ التحصیل انتاریو ارائه شد.

ایچیکاوا، DM، و همکاران (2023) یک مدل یادگیری عمیق جهانی برای طراحی انگشت روی امکان برنامه ریزی مجدد فاکتور رونویسی را فراهم می کند. بیوتکنولوژی طبیعت. doi.org/10.1038/s41587-022-01624-4.



منبع

علاوه بر دکتر نویز، دیگر محققین دانشگاه نیویورک که در این مطالعه شرکت داشتند Manjunatha Kogenaru، PhD بودند. آوریل مولر، BS; دکتر دیوید گیگانتی گرگوری گلدبرگ، دکتری؛ سامانتا آدامز، دکترا. جفری اسپنسر، دکترا. کورتنی جیانکو؛ Finnegan Clark، BS; و تیموتی لیونت، دکترا. سایر محققین مطالعه شامل اسامه عبدین، BS; دکتر نادر الراسول; هان ون، ام اس; رزیتا رضوی، دکتری، MPH; ساترا نیم، دکترا; هنگ ژنگ، دکتری؛ دکتر Mikko Taipale. و فیلیپ کیم، دکترا، در دانشگاه تورنتو. نویسنده اصلی این مطالعه، دیوید ایچیکاوا، دکترا، در آزمایشگاه پاسخ به همه گیری در شهر لانگ آیلند، نیویورک است.

دکتر Noyes یکی از بنیانگذاران TBG Therapeutics است، شرکتی که روش هایی را برای طراحی انگشتان روی و استفاده از آنها در درمان بیماری های دارای اجزای ژنتیکی توسعه می دهد. NYU Langone دارای حق اختراعات در انتظار (PCT/US21/30267, 63145929) برای این ابزارها و رویکردها است که هم دکتر Noyes و هم NYU Langone ممکن است از آن بهره مند شوند. شرایط و ضوابط این روابط مطابق با سیاست های NYU Langone مدیریت می شود.