استفاده از ویرایش ژنوم برای گسترش امکانات تحقیقات حشره شناسی

از آنجایی که برخی از حشرات دارای ژنوم بزرگتر از ژنوم انسان هستند، فرآیند دشوار توالی یابی کل ژنوم حتی پیچیده تر است. بنابراین دانشمندان از توالی یابی رونوشت با فناوری توالی یابی نسل بعدی، که توالی یابی RNA نیز نامیده می شود، به عنوان ابزاری برای ارزیابی حشرات بزرگ با اندازه ژنوم استفاده می کنند. با استفاده از این ابزار قدرتمند، دانشمندان می توانند ده ها هزار ژن ممکن را در یک بافت خاص با جمع آوری ده ها میلیون خوانش به طور موثر شناسایی کنند. سپس توالی‌های ژن را در واحدهای رونویسی برای شناسایی جمع‌آوری می‌کنند. اما این نوع تجزیه و تحلیل به دسترسی دانشمندان به مجموعه داده های جامع و حاشیه نویسی عملکردی آنها بستگی دارد. پایگاه های داده وجود دارد، اما نمی توانند با افزایش توالی ژنوم حشرات همگام شوند.

همانطور که تجزیه و تحلیل رونویسی محبوب تر می شود، بسیاری از گروه های تحقیقاتی خطوط لوله خود را اجرا می کنند و اطلاعات مربوط به واحدهای رونویسی از مطالعات مختلف بر اساس مطالعه به مطالعه گزارش می شود. این خطوط لوله مجموعه‌ای از الگوریتم‌هایی هستند که برای پردازش داده‌های توالی‌یابی ژنوم استفاده می‌شوند. اما دانشمندان به راهی برای ادغام حاشیه نویسی عملکردی از همه گروه های مختلف که این نوع تحقیقات را انجام می دهند در پایگاه های داده عمومی نیاز دارند.

تیم تحقیقاتی شامل Hidemasa Bono، دانشگاه هیروشیما. تاکوما ساکاموتو و هیروکو تابونوکی، دانشگاه کشاورزی و فناوری توکیو؛ و تاکیا کاسوکاوا، مرکز RIKEN برای علوم پزشکی یکپارچه.

بونو، اچ.، و همکاران (2022) گردش کار حاشیه نویسی عملکردی سیستماتیک برای حشرات. حشرات. doi.org/10.3390/insects13070586.