شواهد A.2 دودمان آبله میمون در حال جهش است


در مطالعه اخیر ارسال شده به bioRxiv* سرور پیش چاپ، تیمی از محققان هندی تمام توالی ژنوم ویروس آبله میمون جدا شده از بیماران آبله میمون با و بدون سابقه سفر بین المللی را تجزیه و تحلیل کردند تا روابط فیلوژنتیکی و تکامل ژنومی ویروس را که می تواند به نرخ انتقال بالاتر کمک کند، درک کنند.

مطالعه: خصوصیات ژنومی موارد آبله میمون شناسایی شده در هند: شناسایی سه گروه فرعی در میان دودمان A.2.  اعتبار تصویر: NIAID

مطالعه: خصوصیات ژنومی موارد آبله میمون شناسایی شده در هند: شناسایی سه گروه فرعی در میان دودمان A.2. اعتبار تصویر: NIAID

زمینه

ویروس آبله میمون، مانند آبله زا ویروس واریولا، هست یک ارتوپاکس ویروس گونه های متعلق به Poxviridae خانواده. این یک ویروس دو رشته ای دی اکسی ریبونوکلئیک اسید (DNA) با ژنومی است که حدود 190 ژن را رمزگذاری می کند.

اولین مورد شناخته شده انسانی آبله میمون در سال 1970 در جمهوری دموکراتیک کنگو بود که به کشورهای غرب و مرکز آفریقا گسترش یافت و پس از آن در ایالات متحده (ایالات متحده) در سال 2003 و بریتانیا (بریتانیا) در سال 2018 شیوع یافت. مطالعات ژنومی که توسط سازمان بهداشت جهانی (WHO) انجام شد، دو کلاد اصلی را شناسایی کرد – کلاد I (کلاد حوضه کنگو) و کلاد II (کلاد غرب آفریقا)، با دو زیرشاخه در کلاد II. شیوع جهانی آبله میمون در سال 2022 با Clade IIb مرتبط است.

ویروس ها از Poxviridae خانواده فرکانس های نوترکیبی بین گونه ای و درون گونه ای بالایی را نشان داده اند. فاصله ژنتیکی کلاد I و II 900 جفت باز بود. تغییرات ژنتیکی می تواند مزایای انتقال و عفونت را برای ویروس ایجاد کند. بنابراین، تجزیه و تحلیل کل ژنوم سویه های در گردش ویروس آبله میمون در نظارت بر بیماری ضروری است.

در مورد مطالعه

مطالعه حاضر نمونه‌هایی را از سواب‌های نازوفارنکس و اوروفارنکس، پوسته‌های ضایعه و مایعات از 96 فرد مشکوک به آبله میمون جمع‌آوری کرد. موارد مثبت بر اساس واکنش زنجیره ای پلیمراز بلادرنگ (PCR) با استفاده از پرایمرهای اختصاصی آبله میمون شناسایی شدند.

مجموعه نمونه نهایی شامل پنج نمونه از کرالا (با تاریخچه سفرهای بین المللی) و پنج نمونه از دهلی (بدون سابقه سفرهای بین المللی اخیر) بود. نمونه های منفی بیشتر برای انترو ویروس و ویروس واریسلا زوستر غربالگری شدند.

برای تعیین خصوصیات ژنومی نمونه های مثبت از توالی یابی نسل بعدی استفاده شد. علاوه بر این، آنالیزهای فیلوژنتیکی بر روی مجموعه داده نهایی متشکل از توالی های ژنوم تولید شده در این مطالعه و 75 توالی از پایگاه های داده NCBI (مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی) و GISAID (ابتکار جهانی برای به اشتراک گذاری داده های آنفلوانزای پرندگان) انجام شد که قبل از تولید و شیوع آبله میمون پس از سال 2022.

نتایج

این مطالعه 90٪ تا 99٪ از ژنوم آبله میمون را از پوسته ضایعه و نمونه های مایع از همه موارد مثبت بازیابی کرد. درختان فیلوژنتیک 10 نمونه از هند را در دودمان Clade IIb A.2 به همراه هشت نمونه دیگر از ایالات متحده، تایلند و بریتانیا قرار دادند.

تجزیه و تحلیل مبتنی بر ژنوم، دودمان A.2 را به سه زیر خوشه، با هفت توالی (پنج از کرالا، و دو توالی از دهلی) با سویه‌های UK-2022 OP331335.1 و USA-2022 ON674051.1 تقسیم کرد و یکی را تشکیل داد. زیر خوشه جهش‌های تعیین‌کننده اصل و نسب در موقعیت‌های C 179537 T، C 25072 T و A 140492 C، پنج توالی از کرالا را به‌عنوان زیر سلسله A.2.1 طبقه‌بندی کردند.

سه توالی باقی‌مانده از دهلی با سویه USA-2022 ON675438.1 منشعب شدند و دومین زیر خوشه را تشکیل دادند. سومین زیر خوشه شامل توالی هایی از سویه های دیگر ایالات متحده و بریتانیا و نمونه هایی از تایلند بود.

مطالعات تکامل کوتاه مدت ویروس آبله میمون را با جهش در ژن‌های پیچیده ویرایش آپولیپوپروتئین B (APOBEC3) که منجر به فعالیت سیتیدین دآمیناز می‌شود، مرتبط کرده‌اند. تجزیه و تحلیل ژنوم از مطالعه حاضر، 13 جهش APOBEC3 جدید و 16 پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNPs) را نشان داد، که نویسندگان معتقدند که تغییرات تعیین کننده دودمان در دودمان A.2 هستند. این مطالعه همچنین 25 جهش اضافی APOBEC3 را در سویه های آبله میمون در گردش در هند شناسایی کرد.

توالی‌های آبله میمون از هند با دودمان‌های قبلی، مانند B.1 از کشورهای اروپایی مانند آلمان، ایتالیا، و فرانسه، و دودمان A.1 2017-2018 از نیجریه، سنگاپور و اسرائیل متفاوت بودند.

نتیجه گیری

به طور خلاصه، این مطالعه 13 جهش جدید در ژن APOBEC3 ویروس آبله میمون را گزارش می دهد که به طور بالقوه می تواند در تکامل ویروس نقش داشته باشد. علاوه بر این، نتایج همچنین 16 SNP جدید را کشف کردند که همراه با جهش‌های APOBEC3، منجر به نمونه‌هایی از هند شد که دودمان A.2.1 را تشکیل دادند. نویسندگان معتقدند که جهش در ارتوپاکس ویروس ژن ها از طریق سرکوب سیستم ایمنی در میزبان با افزایش حدت در ارتباط هستند.

علاوه بر این، ژن های موجود در ناحیه انتهایی ویروس آبله میمون و غیره ارتوپاکس ویروس گونه ها مسئول سازگاری و انتقال میزبان هستند. بنابراین، مطالعات گسترده ژنوم برای درک نقش این ژن ها و نظارت بر جهش های اضطراری برای جلوگیری از گسترش آبله میمون ضروری است.

*تذکر مهم

bioRxiv گزارش‌های علمی مقدماتی را منتشر می‌کند که توسط همتایان بررسی نمی‌شوند و بنابراین، نباید به‌عنوان اطلاعات قطعی، راهنمای عمل بالینی/رفتار مرتبط با سلامتی در نظر گرفته شوند یا به عنوان اطلاعات ثابت تلقی شوند.

مرجع مجله:

  • خصوصیات ژنومی موارد آبله میمون شناسایی شده در هند: شناسایی سه گروه فرعی در میان دودمان A.2: Anita M Shete، Pragya D Yadav، Abhinendra Kumar، Savita Patil، Deepak Y Patil، Yash Joshi، Triparna Majumdar، Vineet Relhan، Rima R Sahay. ، میناکشی واسو، پرانیتا گاوانده، آجی ورما، آربیند کومار، شیورام داکاد، آنوکومار بالا کریشنان، شوبین چنایل، سورش کومار و پریا آبراهام. bioRxiv. 2022. DOI: https://doi.org/10.1101/2022.09.16.507742، https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.09.16.507742v1



منبع