شیوع SARS-CoV-2 و مالاریا همزمان در موج اول همه‌گیری چقدر بود؟


در مطالعه اخیر ارسال شده به medRxiv* سرور پیش چاپ، محققان شیوع انواع سندرم تنفسی حاد شدید ویروس کرونا 2 (SARS-CoV-2) و فراوانی وقوع همزمان بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) و مالاریا را در بورکینافاسو، آفریقای غربی تعیین کردند.

مطالعه: شیوع SARS-CoV-2 و بروز/عفونت همزمان با مالاریا در طول موج اول همه‌گیری (مورد بورکینافاسو).  اعتبار تصویر: کریستوف بورگستت/شاتراستوک
مطالعه: شیوع SARS-CoV-2 و بروز/عفونت همزمان با مالاریا در طول موج اول همه‌گیری (مورد بورکینافاسو). اعتبار تصویر: کریستوف بورگستت/شاتراستوک

زمینه

گزارش شده است که انتقال SARS-CoV-2 در آفریقا شیوع کمتری دارد که عمدتاً موارد بدون علامت را شامل می شود و میزان مرگ و میر مرتبط کمتری در مقایسه با کشورهای توسعه یافته دارد. نسبت بیشتری از جوانان و تنوع اجتماعی و اکولوژیکی (یعنی جمعیت کم، هوای گرم و پاسخ‌های ایمنی آموزش‌دیده در برابر اختلالات عفونی) و اجرای سریع اقدامات بهداشتی مانند قرنطینه‌های دولتی می‌تواند میزان بروز کمتر را توضیح دهد.

مطالعات نشان داده‌اند که همه‌گیری COVID-19 برخی کشورها (مانند تونس، مراکش و آفریقای جنوبی) را به‌طور برجسته‌تری تحت تأثیر قرار داده است، که نشان‌دهنده شیوع SARS-CoV-2 در منطقه است. با این حال، یافته ها می تواند به دلیل سطوح پایین و نامتناسب تست های تشخیصی و اقدامات نظارتی باشد.

علاوه بر این، مالاریا در آفریقا بومی است، موارد آن در طول موج اولیه COVID-19 افزایش یافته است، که ممکن است به دلیل اختلال در کمپین های مالاریا، و ظرفیت های تشخیصی و آزمایشی در طول موج اولیه همه گیری باشد.

در مورد مطالعه

در مطالعه مبتنی بر جمعیت حاضر، محققان فراوانی عفونت‌های همزمان کووید-19 و مالاریا را در کشور بورکینافاسو در غرب آفریقا ارزیابی کردند.

این مطالعه بر روی 998 داوطلب بدون علامت ساکن در مناطق مختلف روستایی یا شهری در 11 روستا در مناطق جنوبی بورکینافاسو بین 22 اوت تا 19 نوامبر 2020 انجام شد. نمونه‌های خون از شرکت‌کنندگان گرفته شد و تحت بررسی میکروسکوپی برای انگل مالاریا قرار گرفتند. پلاسمودیوم فالسیپاروم تشخیص (در مراحل غیرجنسی و گامتوسیتی)، و تست‌های تشخیصی سریع برای تشخیص SARS-CoV-2 بر اساس وجود آنتی‌بادی‌های ایمونوگلوبولین G (IgG)، A و M در برابر پروتئین SARS-CoV-2 نوکلئوکپسید (N).

شیوع سرمی SARS-CoV-2 به عنوان کسری از شرکت کنندگان با آنتی بادی های ضد SARS-CoV-2 N برآورد شد. علاوه بر این، نمونه‌های سواب نازوفارنکس از شرکت‌کنندگان مطالعه برای تجزیه و تحلیل کمی واکنش زنجیره‌ای رونویسی معکوس-پلیمراز (RT-qPCR) گرفته شد و مقادیر آستانه چرخه (Ct) به دست آمد. علاوه بر این، اسید ریبونوکلئیک SARS-CoV-2 (RNA) از نمونه‌های افراد سرم مثبت با مقادیر Ct ≤35 (19=n) استخراج شد و تحت آنالیز توالی‌یابی کل ژنوم (WGS) قرار گرفت و به دنبال آن کتابخانه‌های ژنومی ساخته شدند.

توالی‌ها همچنین از طریق آنالیزهای مقایسه‌ای ژنومی و فیلوژنتیکی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند و طبقه‌بندی PANGOLIN (تخصیص فیلوژنتیکی دودمان‌های شیوع جهانی نام‌گذاری شده) برای شناسایی دودمان و رده‌های SARS-CoV-2 استفاده شد. اطلاعات جمعیت شناختی و بالینی به دست آمده از شرکت کنندگان شامل جنس، دمای بدن و سن بود.

نتایج

اکثر شرکت کنندگان (55%، 549=n) زن بودند و افراد از نظر سنی به گروه های سنی زیر تقسیم شدند: پنج سال تا 12 سال، 13 سال تا 20 سال، 21 سال تا 40 سال و بالای 40 سال. تجزیه و تحلیل شیوع سرمی SARS-CoV-2 3.2% (n=32)، 2.5% SARS-CoV-2 RT-qPCR مثبت و 22% بروز مالاریا (n=219) را نشان داد که بیشترین موارد عفونت همزمان در کودکان در سنین بالا شناسایی شده است. <12 سال (42٪) بدون تفاوت قابل توجه بر اساس جنسیت.

بالاترین میزان مثبت بودن SARS-CoV-2 (پنج درصد) برای شهر Bobo-Dioulasso در مناطق شهری غرب آفریقا گزارش شد و در بین افراد بالای 40 سال (هفت درصد) به طور قابل توجهی بالاتر بود و پس از آن افراد 13 تا 20 ساله در رتبه های بعدی قرار داشتند. (سه درصد)، پنج سال تا 12 سال (دو درصد)، و 21 سال تا 40 سال (یک درصد). نرخ بروز عفونت SARS-CoV-2 به طور قابل توجهی بالاتر (شش درصد) در نوامبر 2020 مشاهده شد. با این حال، هیچ تفاوت قابل توجهی بر اساس جنسیت در شیوع سرمی SARS-CoV-2 و مثبت بودن PCR مشاهده نشد.

تجزیه و تحلیل WGS 13 سویه SARS-CoV-2 را نشان داد که در طول دوره مطالعه در بورکینافاسو در گردش بودند که به دودمان های A.19، A.21، B.1، B.1.1.118، و B.1.1.404 اختصاص داده شده بودند که در دسته های مختلف قرار گرفتند. کلادهای 19B، 20A و 20B. دودمان‌های در گردش یافت شده در بورکینافاسو در طول موج اول همه‌گیری، کلادهای اولیه مشتق شده از سویه ووهان بودند. بیشتر دودمان های گزارش شده قبلاً در بورکینافاسو یا کشورهای همسایه توصیف شده اند. با این حال، ما همچنین دو دودمان کمتر متداول (B.1.1.118 و B.1) را شناسایی کردیم که احتمالاً از ایالات متحده آمریکا یا اروپا به بورکینافاسو وارد شده بودند.

از نمونه‌های SARS-CoV-2 مثبت/RT-qPCR مثبت (7 نفر)، هیچکدام عفونت همزمان مالاریا را نشان نداد، در حالی که مالاریا و COVID-19 در دو (از 17) سرم منفی/RT-qPCR- رخ دادند. نمونه های مثبت از بقیه افراد مثبت/RT-qPCR منفی (25 نفر)، هشت نفر عفونت همزمان مالاریا را نشان دادند. بنابراین، دو و هشت مورد عفونت همزمان تایید شده و مشکوک شناسایی شد که از این تعداد، هشت مورد در سن کمتر از 14 سال و دو مورد در سنین بالاتر از 40 سال بودند. تنها یک (از دو) نمونه آلوده به RT-qPCR مثبت توالی یابی شد و دودمان A.21 به آنها اختصاص یافت.

اکثر گروه‌های سنی که بیشتر تحت تأثیر این دو بیماری قرار گرفتند، همپوشانی نداشتند. با این حال، ده مورد عفونت همزمان در میان جوانان مشاهده شد. آزمایش‌های سرولوژی، تیترهای آنتی‌بادی کل (IgG، A، و M) را در برابر SARS-CoV-2 اندازه‌گیری کردند، و تشخیص موارد عفونت سروی مثبت قبلی از عفونت‌های SARS-CoV-2 فعلی را دشوار می‌کرد و بنابراین، اینکه آیا داده‌ها نشان‌دهنده یک عفونت مجدد هستند یا خیر. عفونت یا عفونت همزمان را نمی توان به وضوح تعریف کرد.

مشابه روندهای زمانی مشاهده شده COVID-19، موارد مالاریا به طور قابل توجهی از پنج درصد در شروع مطالعه به 29 درصد در پایان دوره مطالعه افزایش یافت که نشان دهنده تأثیر بالقوه بر کنترل عفونت مالاریا به دلیل همه گیر COVID-19 است.

نتیجه

یافته‌های مطالعه فراوانی کم کووید-19 و عفونت‌های همزمان مالاریا (1 درصد) را در بورکینافاسو نشان داد. نویسندگان بر این باورند که مطالعه حاضر اولین مطالعه در نوع خود است و داده هایی را برای تخمین شیوع واقعی و انواع در گردش عفونت های SARS-CoV-2 در جنوب صحرای آفریقا ارائه می دهد.

*تذکر مهم

medRxiv گزارش‌های علمی مقدماتی را منتشر می‌کند که توسط همتایان بررسی نمی‌شوند و بنابراین، نباید به‌عنوان نتیجه‌گیری، راهنمای عمل بالینی/رفتار مرتبط با سلامتی در نظر گرفته شوند یا به عنوان اطلاعات ثابت تلقی شوند.



منبع