حدود 19 درصد از نمونه‌های وارد شده در این تحقیق فقط دارای جهش‌های غیر محرک یا بدون جهش شناسایی شده بودند. این نشان می‌دهد که از هر پنج بیمار، یک نفر ممکن است از یک رویکرد جامع‌تر مانند توالی‌یابی ژنوم و رونویسی برای بینش در مناظر مولکولی تومورها فراتر از آنهایی که توسط پانل‌های فعلی گرفته شده‌اند و برای تقویت رویکردهای پزشکی دقیق جدید بهره‌مند شود.
نتیجه گیری
AACR Project GENIE یک مخزن بین المللی پان سرطان منبع باز از داده های انکولوژی ژنومیک/بالینی واقعی است. پروژه GENIE که در اواخر سال 2015 تأسیس شد، 9 مجموعه داده منتشر کرده است که آخرین نسخه 9.1 شامل داده های بیش از 110000 تومور از بیش از 100000 بیمار سرطانی است. سرطان های ریه، کولورکتال و سینه هر کدام با بیش از 10000 تومور در مخزن نشان داده می شوند.
در مطالعه حاضر، محققان داده های بیش از 110000 تومور را تجزیه و تحلیل کردند. این پروژه از بیش از 18800 نمونه در اولین نسخه به 110704 در آخرین نسخه افزایش یافته است. در انتشار 9.1، بیش از نیمی (57٪) از نمونه ها تومورهای اولیه، 32٪ متاستاز، و بقیه (11٪) عود موضعی، بدخیمی های خونی یا ناشناخته بودند. سرطان ریه سلول غیر کوچک، سرطان کولورکتال، سرطان سینه، گلیوما، سرطان پانکراس و ملانوم 50 درصد موارد را تشکیل می دهند.
آنها از یک الگوریتم 20/20+ استفاده کردند که ژن های سرکوبگر تومور و انکوژن ها را شناسایی می کند. حدود 171 ژن محرک فرضی مرتبط با 29 نوع سرطان با این رویکرد شناسایی شدند. علاوه بر این، آنها همچنین مجموعه‌ای از جهش‌های محرک را شناسایی کردند که منحصر به زیر مجموعه‌های تومورهای نادر است.
حدود 72% از گروه‌ها نژاد سفید پوست، 6% سیاه‌پوست، 5% آسیایی، کمتر از 3% از افراد بومی آمریکایی، جزیره‌نشین اقیانوس آرام و نژادهای دیگر بودند و 14% ناشناخته بودند. یک فرآیند تضمین کیفیت تکراری از زمان آغاز پروژه توسعه یافته است و با هر نسخه اصلاح شده است که منجر به توسعه تعاریف سنجش تست استاندارد و داشبوردهای کیفیت برای بازخورد به مراکز مشارکت‌کننده می‌شود. این منجر به توسعه 91 تعریف سنجش استاندارد و داشبورد کیفیت مرتبط با آخرین نسخه شده است.
سپس، محققان یک تجزیه و تحلیل جهشی از تومورها با کمتر از 50 نمونه اختصاص داده شده به مجموعه ای از گره های فرزند مربوط به یک اجداد یا یک گره طبقه بندی OncoTree پایانی انجام دادند. این منجر به شناسایی 399 کد OncoTree منحصر به فرد شد که شامل 32 نوع بافت از 5522 نمونه تومور است که 2٪ از مجموعه داده را نشان می دهد.
نویسندگان جهش ها را به تفاسیر مختلف از OncoKB، یک پایگاه دانش انکولوژی، برای محاسبه فراوانی تغییرات بالینی قابل عمل در مجموعه داده فعلی GENIE ترسیم کردند. آنها اشاره کردند که تومورهای با تغییرات سطح 1 یا 2 (مرتبط با درمان‌های مراقبتی خاص یا استاندارد) به 17 درصد افزایش یافته است، بیش از افزایش دو برابری نسبت به تخمین‌های قبلی از سال 2017. فراوانی تغییرات سطح 3A که با درمان‌های تحقیقاتی امیدوارکننده برای نوع خاصی از تومور به میزان 4.7 درصد کاهش یافت.
