مطالعه از توالی یابی کل ژنوم برای ردیابی انتقال SARS-CoV-2 در بیمارستان ولز استفاده می کند

مطالعه حاضر بر روی یک واحد مراقبت‌های بهداشتی منطقه‌ای در ولز متمرکز بود که پذیرش اضطراری موارد مشکوک COVID-19 را از مناطق روستایی و شهری کشور دریافت کرد. آزمایش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز در زمان واقعی (PCR) روی سواب‌های دهانی و نازوفارنکس انجام شد. تمام نمونه های با آستانه چرخه زیر 30 برای توالی یابی کل ژنوم استفاده شدند.

به گفته نویسندگان، عواملی که در شیوع این بیماری نقش دارند عبارتند از اشتراک کارکنان بین بخش‌های متعدد، جابجایی بیمار، تهویه نامناسب، امکانات مشترک و رعایت ناقص اقدامات کنترلی مانند استفاده از PPE.

نتیجه گیری

یافته‌ها نشان می‌دهد که شیوع فرد به فرد احتمال بیشتری برای انتشار متوالی SARS-CoV-2 است، نه اینکه کل بخش از طریق یک رویداد هوایی آلوده شود. واسطه های بیمارستانی با علائم قبل یا حداقل علائم ممکن است عفونت را به بخش های دیگر منتقل کرده باشند.

از زمان شناسایی اولین مورد بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) در ولز در فوریه 2020، این کشور دو موج شیوع SARS-CoV-2 را در ماه های بهار و پاییز و زمستان آن سال تجربه کرد. در حالی که قرنطینه های ملی برای مختل کردن انتقال ویروس در جامعه اعمال می شد، کنترل عفونت های مرتبط با مراقبت های بهداشتی در بیمارستان ها دشوارتر بود.

نتایج نشان می‌دهد که شناسایی و جداسازی زودهنگام بیماران می‌تواند به محدود کردن گسترش ویروس کمک کند. علاوه بر این، اقدامات دیگری مانند پرسنل اضافی برای جلوگیری از اشتراک کارکنان بین بخش‌ها، بهبود طراحی PPE برای تناسب و راحتی بهتر، استفاده از ماسک‌های خاص مانند FFP3 برای کاهش انتشار آئروسل، و بهبود طراحی بیمارستان برای افزایش تهویه و کاهش اشتراک‌ها. فضاها می توانند به طور قابل توجهی انتقال SARS-CoV-2 را در بیمارستان ها کاهش دهند.

موارد تایید شده بر اساس نتایج مثبت تست PCR، پیوند اپیدمیولوژیک با یک مورد تایید شده دیگر، و انتساب نمونه به یک گروه انتقال در بریتانیا در دودمان B.1.1.311 PANGO تعریف شد. اگر بیمار یا کارکنان به ترتیب در طول شیوع بیماری در هر یک از بخش‌های آسیب‌دیده ساکن یا کار می‌کردند، نمونه‌های بدون اطلاعات کل توالی ژنوم موارد احتمالی در نظر گرفته می‌شدند.

در مطالعه اخیر منتشر شده در مجله عفونت بیمارستانیمحققان از توالی یابی کل ژنوم برای بررسی انتقال بیماری از بیمار به پرسنل، کارمند به بیمار، و انتقال سندرم حاد تنفسی ویروس کرونا 2 (SARS-CoV-2) در بیمارستان های ولز استفاده کردند.

مطالعه: دستیابی به قلب انتقال درون بیمارستانی SARS-CoV-2 با کمک توالی یابی کل ژنوم.  اعتبار تصویر: Alexandros Michailidis/Shutterstock
مطالعه: دستیابی به قلب انتقال درون بیمارستانی SARS-CoV-2 با کمک توالی یابی کل ژنوم. اعتبار تصویر: Alexandros Michailidis/Shutterstock

زمینه

مرجع مجله:

  • اسد، اچ، ای کانل، ال، هال، جی، جونز، تی، والترز، جی.، منچیپ-تیلور، ال.، بری، جی.، کیگان، دی، جونز، اچ، ویلیامز، C., Cronin, M., Hughes, H., Morgan, M., Connor, TR, & Healy, B. (2022). رسیدن به قلب انتقال داخل بیمارستانی SARS-CoV-2 با کمک توالی‌یابی کل ژنوم. مجله عفونت بیمارستانی. doi: https://doi.org/10.1016/j.jhin.2022.09.023 https://www.journalofhospitalinfection.com/article/S0195-6701(22)00319-X/fulltext#%20



منبع

نتایج انتقال سریع SARS-CoV-2 را در بین بیماران و کارکنان یک بخش با وجود اقدامات کنترل عفونت مانند تجهیزات حفاظت شخصی (PPE) نشان داد. شیوع، که شامل 85 مورد در بیمارستان و حداقل 10 مورد در بیمارستان دیگر بود، سه خوشه ثانویه را در بر گرفت و با یک مورد اولیه (P0) شروع شد، علیرغم اینکه تست PCR P0 مقدار آستانه سیکل بالایی را نشان داد.

نویسندگان بر این باورند که این شیوع یک رویداد معمولی فوق انتشار است که با افزایش انفجاری در مراحل اولیه و به دنبال آن انتقال پایدار مشخص می شود. با توجه به اطاقک تا حد زیادی ایزوله ای که P0 در آن بستری شده بود و همچنین عدم تماس یا مناطق مشترک با سایر بیماران یا کارکنان آلوده در همان دوره، این مطالعه بیان کرد که انتشار SARS-CoV-2 از طریق قطرات یا فومیت ها بسیار زیاد است. بعید است، و انتقال ممکن است به طور بالقوه در راهرو و منطقه میز اتفاق افتاده باشد.

تیمی از کارکنان بیمارستان، یک اپیدمیولوژیست، مقامات پیشگیری و کنترل عفونت (IP&C) و پزشکان بهداشت عمومی شیوع بیماری را طبق دستورالعمل‌های مدیریت شیوع انجمن بهداشت بررسی کردند. کارکنان بیمارستان و بیماران غربالگری شدند. اطلاعات حاصل از نتایج آزمایش COVID-19 با اپیدمیولوژی در زمان واقعی و داده های توالی ژنوم کل و اطلاعات مربوط به شیفت کارکنان، حرکت بیمار و بیماری کارکنان برای تعیین شیوع ترکیب شد.

درک اثربخشی اقدامات کنترل عفونت مورد استفاده برای شناسایی و مهار انتشار SARS-CoV-2 در بیمارستان ها برای جلوگیری از انتقال کلی COVID-19 ضروری است.

در مورد مطالعه

یک خط لوله فیلوژنتیک خودکار برای تجزیه و تحلیل توالی ها و اختصاص آنها به یکی از دودمان های Fylogenetic Assignment of Named Global Outbreak (PANGO) یا تخصیص آنها به یکی از گروه های انتقال بریتانیا (بریتانیا) بر اساس بازسازی حالت اجدادی استفاده شد. داده‌های گروه انتقال و اصل و نسب برای تجزیه و تحلیل بیشتر با اطلاعات اپیدمیولوژیک مرتبط شدند.

موارد به دست آمده از جامعه و نمونه های مرتبط با دودمان غیر از B.1.1.311 از تجزیه و تحلیل حذف شدند.

نتایج

به طور خلاصه، این مطالعه انتقال گسترده SARS-CoV-2 با منشاء تک بیمار را در دو بیمارستان در ولز بررسی کرد و عواملی را که در شیوع این بیماری نقش داشتند بررسی کرد.

اگرچه انتقال SARS-CoV-2 علیرغم پایبندی به استفاده از PPE رخ داد، اما پس از انتقال P0 به یک واحد درمان فشرده که در آن کارکنان از PPEs و ماسک های فیلتر کننده صورت 3 (FFP3) مناسب برای روش های تولید آئروسل استفاده کردند، هیچ مورد انتقال مستندی وجود نداشت.