تیمی از دانشمندان ایالات متحده اخیراً انتقال شهرستان به شهرستان سندرم حاد تنفسی ویروس کرونا 2 (SARS-CoV-2) را در مینه‌سوتا توصیف کرده‌اند. مطالعه در حال حاضر در دسترس است medRxiv* سرور پیش چاپ
زمینه
اپیدمیولوژی ژنومی درک عمیقی از دینامیک انتقال و الگوی تکامل SARS-CoV-2، عامل بیماری‌زای بیماری همه‌گیر کروناویروس 2019 (COVID-19) ارائه کرده است. مطالعات زیادی برای تعیین انتقال موضعی SARS-CoV-2 در یک ایالت یا استان انجام شده است. این مطالعات برای نظارت ژنومی در سطح کشور و تلاش‌های پیشگیرانه ارزشمند هستند.
برای درک تأثیر جمعی انتقال ویروس از شهرستان به شهرستان بر پویایی ویروسی درون ایالتی، مهم است که بررسی کنیم که چگونه رویدادهای معرفی ویروسی و گردش انواع مختلف نگرانی (VOCs) باعث ایجاد تغییرات در تکامل و انتقال ویروسی موضعی در سراسر همه‌گیری می‌شوند. .
طراحی مطالعه
در مطالعه کنونی، دانشمندان ژنوم های ویروسی جمع آوری شده از بیش از 22000 بیمار مبتلا به SARS-CoV-2 را طی دو سال در طول همه گیری، توالی یابی کردند. آنها فیلودینامیک بیزی را برای تعیین انتقال شهرستان به شهرستان SARS-CoV-2 و تأثیر و زمان‌بندی رویدادهای معرفی به ایالت مینه‌سوتا انجام دادند.
علاوه بر این، آنها داده‌های ژنومی ویروسی را با ویژگی‌های بیماران و فنوتیپ‌های بیماری مرتبط کردند تا ساختار ژنتیکی ژنوم‌های نوع خاص را در رابطه با شدت بالینی بیماری تعیین کنند.
انتقال ویروس در سراسر کشور
یافته‌های فیلودینامیک بیزی نشان داد که ویروس‌های عمدتاً در گردش در این ایالت از شهرستان هنپین، بزرگترین جمعیت در مینه‌سوتا بودند. شهرستان رمزی، دومین شهرستان پرجمعیت، نیز با تکامل اولیه و انتقال SARS-CoV-2 همراه بود.
تخمین نسبت رویدادهای معرفی به کل جریان ویروسی به داخل و خارج از هر شهرستان نشان داد که Anoka، Dakota، Ramsey، Stearns و Washington رویدادهای معرفی بسیاری را در مرحله اولیه همه‌گیری تجربه کردند. در حالی که بین معرفی و رویدادهای جریان ویروس در Anoka، Ramsey و Stearns تعادل وجود داشت، رویدادهای معرفی به طور مداوم بالاتر از رویدادهای جریان ویروس در داکوتا و واشنگتن مشاهده شد.
متضادترین دینامیک انتقال در شهرستان هنپین مشاهده شد که به طور مداوم جریان ویروسی بیشتری را به سایر شهرستان ها در سراسر همه گیری ایجاد می کرد. هنگامی که نوع آلفا شروع به گردش در ایالت کرد، این شهرستان افزایش گذرا در رویدادهای معرفی را تجربه کرد. در طول این مرحله، کاهش رویدادهای جریان ویروسی در شهرستان هنپین مشاهده شد.
علاوه بر این، متداول‌ترین رویدادهای معرفی بین‌المللی در شهرستان هنپین در مرحله اولیه همه‌گیری با مجموع 119 رویداد جداگانه در یک دوره دو ساله در طول همه‌گیری رخ داد.
تاثیر اقدامات کنترلی
تجزیه و تحلیل تنوع ویروسی خاص شهرستان نشان داد که محدودیت‌های اعمال‌شده توسط دولت نقش مهمی در کاهش تنوع ویروس‌های در گردش در اکثر شهرستان‌ها ایفا می‌کند. این نشان دهنده اختلاط فضایی کم SARS-CoV-2 بین شهرستان ها است.
با این حال، افزایش شدید تنوع ویروسی بلافاصله پس از حذف محدودیت‌ها در ایالت در ماه مه 2021 مشاهده شد. چنین رویدادهایی از اختلاط فضایی ویروس‌ها منجر به القای موارد COVID-19 و گردش نوع omicron در ایالت شد.
رابطه تکاملی بین انواع ویروسی و پیامدهای بالینی COVID-19
بیش از 14000 ژنوم ویروسی با ویژگی های بیماران و فنوتیپ های COVID-19 برای درک رابطه بین تکامل ویروسی و نتایج بالینی مرتبط شدند.
یافته‌ها نشان داد که تکامل ژنتیکی واریانت‌های omicron در این ایالت توسط نتایج بالینی هنگام طبقه‌بندی توسط عوامل خطر بیمار و VOCs ساختار یافته است. اکثر پیامدها موارد بالینی خفیف یا متوسط بودند. با این حال، چنین رابطه ای برای انواع آلفا و دلتا مشاهده نشد.
اهمیت مطالعه
این مطالعه انتقال از شهرستان به شهرستان SARS-CoV-2 در مینه‌سوتا را توصیف می‌کند. شهرستان هنپین به عنوان منبع اصلی رویدادهای معرفی شهرستان به شهرستان پس از رویدادهای معرفی اولیه بین المللی خود در اوایل سال 2020 شناخته شده است.
نکته مهم این است که این مطالعه اهمیت محدودیت های مرتبط با بیماری همه گیر را در کاهش انتقال ویروس بین شهرستان ها برجسته می کند.
*تذکر مهم
medRxiv گزارش‌های علمی مقدماتی را منتشر می‌کند که توسط همتایان بررسی نمی‌شوند و بنابراین، نباید به‌عنوان نتیجه‌گیری، راهنمای عمل بالینی/رفتار مرتبط با سلامتی در نظر گرفته شوند یا به عنوان اطلاعات ثابت تلقی شوند.