پس از آن، داده های کوتاه خوانده شده ژنوم توالی یابی مجدد 22 پانگولین چینی و 72 پانگولین مالایی غربالگری شد. ابتدا، دنباله های کوتاه خوانده شده با بیش از 100 تطابق قابل توجه دانلود شدند و سپس آنها دانلود شدند. از نو مونتاژ.
محققان مطالعه حاضر یک ویروس پاپیلومای ناشناس را در پانگولین ها کشف کردند و متعاقباً این نمونه را با استفاده از الگوریتم tblastn غربالگری کردند. حاشیه نویسی پیوند 7307 جفت باز با استفاده از خط لوله PuMA انجام شد که مطابق با ژنوم کامل ویروس پاپیلومایی بود که پروتئین های E1، E2، E6، E7، L1 و L2 را به همراه دو محصول متصل شده کدگذاری می کرد.
تنوع ویروس های DNA و ارتباط بیماری آنها در پانگولین ها نامشخص است.
در مورد مطالعه
توالی های ژنومی به قرائت های رو به جلو، یتیم و معکوس طبقه بندی شدند. در نهایت، حاشیه نویسی رگه های ژنوم کامل ویروسی با استفاده از PuMA انجام شد.
ژنوم جمع آوری شده بین 7253 تا 7437 جفت باز (bp) با محتوای گوانین-سیتوزین (GC) بین 39.84٪ -40.09٪ بود.
ژن L1 کامل برای سه نمونه از این نمونه ها جمع آوری شد. علاوه بر این، سه ژن مختلف L1 از یک پانگولین چینی جمع آوری شدند.
هر سه ژنوم حاوی پروتئین های E1، E2، E6، E7، L1 و L2 و همچنین دو محصول پیوند شده بودند. علاوه بر این، هفت توالی از هشت توالی L1 در یک گروه تک‌فیلتیک طبقه‌بندی شدند و به عنوان دودمان خواهر TbelPV1 گروه‌بندی شدند. کلاد E1 نیز به عنوان خواهر TbelPV1 قرار گرفت.
مرجع مجله:
- Barreat، JGN، Kamada، AJ، Ruben de Souza، C.، و همکاران (2023). کشف ویروس‌های پاپیلومای جدید در پانگولین‌های مالایا و چینی که به شدت در معرض خطر هستند. نامه های زیست شناسی. doi:10.1098/rsbl.2022.0464.
مطالعه: کشف ویروس‌های پاپیلومای جدید در پانگولین‌های مالایا و چینی که به شدت در معرض خطر هستند. اعتبار تصویر: 2630ben / Shutterstock.com
پانگولین ها چیست؟
در 11 نمونه از 22 نمونه پانگولین چینی و 36 نمونه از 73 نمونه پانگولین مالایا، ضربه های قابل توجهی به ویروس های پاپیلومایی شناسایی شد. همه نمونه ها با استان های جغرافیایی شناخته شده از استان یوننان چین سرچشمه گرفته اند.
ویروس‌های پاپیلوماوی ویروس‌های بدون پوشش و DNA دو رشته‌ای (dsDNA) با ژنوم دایره‌ای هستند. عفونت با این ویروس ها می تواند منجر به علائم بالینی متعددی از زگیل تحت بالینی، پوستی و مخاطی تا ضایعات سرطانی در میزبان مهره داران شود.
بررسی رگه‌های ژن L1 برای شناسایی یک چارچوب خواندن باز L1 دست نخورده امکان‌پذیر است. تخمین نقطه ایزوالکتریک و وزن مولکولی محصولات پروتئینی پیش‌بینی‌شده با استفاده از ExPASy انجام شد. Magic-BLAST برای محاسبه پوشش توالی های مونتاژ شده استفاده شد.
چهار گونه مختلف از پانگولین در آسیا زندگی می کنند که شامل پانگولین فیلیپینی می شود.Manis culionensis)، پانگولین هندی (Manis crassicaudata), پانگولین مالایی (مانیس جاوانیکاو پانگولین چینی (مانیس پنتاداکتیلا). اتحادیه بین المللی حفاظت از طبیعت (IUCN) پانگولین های فیلیپینی، مالایا و چینی را به دلیل کاهش جمعیت به دلیل بهره برداری بیش از حد و قاچاق فلس های آنها، به عنوان گونه های در معرض خطر انقراض معرفی کرده است.
مطالعه حاضر پانگولین های آسیای جنوب شرقی را به عنوان میزبان ویروس های پاپیلومای بسیار شایع و متنوع شناسایی می کند. این یافته ها اهمیت در سیلیکو استخراج داده های توالی میزبان برای غربالگری ویروس های جدید. مطالعات بیشتری برای درک بهتر تاثیر ویروس های پاپیلوم بر پانگولین ها و توسعه استراتژی هایی برای حفظ این حیوانات مورد نیاز است.
پانگولین ها پستاندارانی شبگرد، پوسته پوسته و حشره خوار هستند که به راسته فولیدوتا تعلق دارند. را فاتاژینوس و اسموتسیا جنس ها در آفریقا یافت می شوند، در حالی که مانیس جنس ها در آسیا یافت می شوند.
فیلوژنی بیزی پروتئین های E1 و L1 برای مطالعه سیستماتیک این ویروس ها با استفاده از ویروس های پاپیلومای شناسایی شده توسط ICTV و ویروس پاپیلومای Tupaia belangeri 1 (TbelPV1) و Tupaiabelangeri papillomavirus 2 (TbelPV2) انجام شد.
یافته های مطالعه
قابل ذکر است، یک نمونه پانگولین چینی و ده نمونه پانگولین مالایی بیش از 100 ضربه قابل توجه داشتند. این نمونه‌ها متعاقباً برای مجموعه‌های ژنومی انتخاب شدند، که در آن دو ژنوم ویروس پاپیلومای جدید همراه با ژنوم دوباره‌سازی شده برای contig مرجع جمع‌آوری شدند.
اخیراً پس از گزارش‌های کروناویروس‌های مرتبط با سندرم حاد تنفسی کرونا 2 (SARS-CoV-2) در پانگولین‌های مالایا، پانگولین‌ها به‌عنوان میزبان‌های بالقوه بیماری ویروسی ظاهر شده‌اند. علاوه بر این، پانگولین ها همچنین به عنوان میزبان برای سایر ویروس های اسید ریبونوکلئیک (RNA) مانند پیکورناویروس ها، پنومو ویروس ها، ریو ویروس ها، فلاوی ویروس ها و ویروس دیستمپر سگ ها دخیل هستند.Paramyxoviridae).