مرجع مجله:
پایگاه داده از چهار ماژول اصلی تشکیل شده است: ماژول های تمایز، بیماری، غنی سازی و دانش. “هر ماژول از فیلترهای تعریف شده توسط کاربر، جداول ایجاد شده به صورت پویا بر اساس تنظیمات تعریف شده توسط کاربر پشتیبانی می کند و نتایج برای دانلود در دسترس هستند.ماژول تمایز حاوی اطلاعات دقیقی در مورد ویرایش A-to-I در جمعیت های سلولی موش است، با هدف کمک به دانشمندان در توضیح همبستگی بین ویرایش RNA و توسعه خونساز. از طرف دیگر، ماژول بیماری. بیش از 400000 سایت ویرایش RNA A-to-I از 50 نمونه از دو نوع مختلف سرطان خون را مشخص می کند. همچنین اطلاعات بالینی و بیان ژن را از هر نمونه ترکیب می کند و امکان کاوش انعطاف پذیر رویدادهای ویرایش RNA را در بیماران فردی یا گروهی فراهم می کند. .
منبع:
در مطالعه اخیر منتشر شده در مجله پزشکی چینی، تیمی از محققان به رهبری دکتر یانی ما از آکادمی علوم پزشکی چین برای رسیدگی به این موضوع اقدام کردند. آنها پایگاه داده جدیدی به نام “REDH” ایجاد کردند که دسترسی راحت به ویرایش RNA سلول های خونساز سالم و بدخیم را فراهم می کند.
ماژول Enrichment را می توان برای کشف هدف عملکردی بیش از 9000 سایت ویرایش RNA استفاده کرد. این سایت ها را به عنوان “سازمان کروماتین”، “تنظیم فرآیندهای متابولیک DNA” و “تنظیم سازمان کروموزوم” طبقه بندی می کند. این ماژول می تواند به محققان کمک کند تا نقاط بین یک صفت یا علامت مشاهده شده و هر رویداد ویرایش RNA مرتبط را به هم متصل کنند. در نهایت، ماژول دانش شامل رویدادهای ویرایش RNA تأیید شده تجربی است که شناخته شده است بر خونسازی و سرطان خونساز تأثیر می گذارد.
خو، جی. و همکاران (2023) REDH: پایگاه داده ای از ویرایش RNA در تمایز خون ساز و بدخیمی. مجله پزشکی چینی. doi.org/10.1097/CM9.0000000000002782.
منبع
پایگاه داده REDH ابزار مفیدی در هدایت و تسریع تحقیقات در مورد ویرایش RNA و ارتباط آن با تمایز سلول های خونی خواهد بود. این می تواند ما را به درک عمیق تری از سرطان های خون برساند و راه را برای درمان های بهتر هموار کند. همانطور که دکتر Ma اظهار داشت، تیم قصد دارد REDH را با آشکار شدن یافته های جدید حفظ و به روز کند.برای هماهنگ نگه داشتن پایگاه داده با تحولات در زمینه ویرایش RNA، ما به نظارت بر متون جدید منتشر شده و گسترش انواع بیماری های خونی موجود در پایگاه داده ادامه خواهیم داد.دکتر ما با چشم به آینده نتیجه می گیرد:امیدواریم پایگاه داده ما به عنوان یک منبع ارزشمند برای کشف مکانیسم های مولکولی زیربنایی تمایز خون ساز و شناسایی اهداف درمانی بالقوه برای سرطان خون و بدخیمی های خونساز عمل کند.“
فرآیند تبدیل DNA به پروتئین از طریق RNA چندان ساده نیست. از چندین نوع RNA درگیر در فرآیند سنتز پروتئین، تعدادی ممکن است در اواسط راه ویرایش شوند. در پستانداران، ویرایش RNA بیشتر شامل تبدیل آدنوزین (A) به اینوزین (I) از طریق دآمیناسیون است که می تواند منجر به طیف گسترده ای از اثرات شود. به عنوان مثال، تبدیل A-to-I می تواند بیان ژن را به روش های مختلف تنظیم کند و به طور قابل توجهی پروتئین سنتز شده نهایی را تغییر دهد.
در حالی که ویرایش RNA یک فرآیند بیولوژیکی ضروری است، اما همچنین یک مکانیسم اساسی در برخی بیماری ها از جمله سرطان است. بنابراین، دانشمندان پایگاه های داده ای در مقیاس بزرگ ایجاد کرده اند که سایت های ویرایش RNA را در بافت های مختلف انسانی مستند می کند. این پایگاه‌های اطلاعاتی به‌عنوان پلتفرم‌های مفیدی برای شناسایی اهداف بالقوه تشخیصی یا درمانی از ویرایش RNA، که شامل تمام مولکول‌های RNA ویرایش‌شده در یک سلول یا بافت معین است، عمل می‌کنند. متاسفانه در حال حاضر هیچ پایگاه داده ای برای ویرایش RNA در سلول های خونساز وجود ندارد. سلول های خونساز از این نظر منحصر به فرد هستند که می توانند به انواع سلول های خونی از جمله گلبول های قرمز، گلبول های سفید و پلاکت ها تبدیل شوند.
ما برای آنها در مورد REDH آرزوی موفقیت می کنیم و امید آنها را برای یافتن بینش و درمان سرطان خون تکرار می کنیم.
برای ساخت پایگاه داده، محققان داده‌های توالی‌یابی RNA (RNA-seq) 29 بیمار سرطان خون و 19 اهداکننده خون سالم را دانلود و تجزیه و تحلیل کردند. آنها همچنین داده های RNA-seq از 12 جمعیت سلول های خونساز موش را شامل شدند. آنها با استفاده از تکنیکی به نام همترازی توالی، بیش از 30000 مکان ویرایش A-to-I را در سلول های خونساز و نزدیک به نیم میلیون رویداد ویرایشی مرتبط با سرطان های خونساز را شناسایی کردند.